《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于建筑企業(yè)所得稅征管有關(guān)問(wèn)題的通知》(國(guó)稅函〔2010〕39號(hào))規(guī)定，實(shí)行總、分機(jī)構(gòu)體制的跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)建筑企業(yè)，應(yīng)嚴(yán)格執(zhí)行《國(guó)家稅務(wù)總局〈關(guān)于印發(fā)跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》(國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào))規(guī)定，按照統(tǒng)一計(jì)算、分級(jí)管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫(kù)的辦法計(jì)算繳納企業(yè)所得稅。

統(tǒng)一計(jì)算，是指建筑企業(yè)應(yīng)統(tǒng)一計(jì)算包括各個(gè)不具有法人資格營(yíng)業(yè)機(jī)構(gòu)在內(nèi)的企業(yè)的全部應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納稅額。也就是說(shuō)，跨省市注冊(cè)分支機(jī)構(gòu)的企業(yè)，應(yīng)匯集各分支機(jī)構(gòu)的收入、成本、費(fèi)用等，統(tǒng)一計(jì)算應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納稅額，如果總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)適用稅率不一致的，應(yīng)分別計(jì)算應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納稅額，分別按照適用稅率納稅。

分級(jí)管理，是指建筑企業(yè)總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)，分別由所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)屬地進(jìn)行監(jiān)督和管理。

就地預(yù)繳，是指建筑企業(yè)總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分別在當(dāng)?shù)匕丛禄虬醇径阮A(yù)繳稅款，具體方法是：總機(jī)構(gòu)根據(jù)企業(yè)本期累計(jì)實(shí)際經(jīng)營(yíng)成果，統(tǒng)一計(jì)算企業(yè)實(shí)際利潤(rùn)額、應(yīng)納稅額。將總機(jī)構(gòu)計(jì)算的應(yīng)納稅額分成相等的兩部分，50%由總機(jī)構(gòu)繳納，另外的50%由分支機(jī)構(gòu)繳納。如果一個(gè)總機(jī)構(gòu)下設(shè)多家分支機(jī)構(gòu)，則再由各分支機(jī)構(gòu)按照一定的比例，計(jì)算自己應(yīng)在當(dāng)?shù)乩U納的稅款，各分支機(jī)構(gòu)的分享比例，按照各自的經(jīng)營(yíng)收入、職工工資、資產(chǎn)總額三個(gè)因素和0.35、0.35、0.3的比重計(jì)算得出。

需要注意幾個(gè)問(wèn)題：一是分支機(jī)構(gòu)經(jīng)營(yíng)收入，是指分支機(jī)構(gòu)在銷(xiāo)售商品或者提供勞務(wù)等經(jīng)營(yíng)業(yè)務(wù)中實(shí)現(xiàn)的全部營(yíng)業(yè)收入。分支機(jī)構(gòu)職工工資，是指分支機(jī)構(gòu)為獲得職工提供的服務(wù)而給予職工的各種形式的報(bào)酬。分支機(jī)構(gòu)資產(chǎn)總額，是指分支機(jī)構(gòu)擁有或者控制的除無(wú)形資產(chǎn)外能以貨幣計(jì)量的經(jīng)濟(jì)資源總額。為簡(jiǎn)化數(shù)額確定，各分支機(jī)構(gòu)的經(jīng)營(yíng)收入、職工工資和資產(chǎn)總額的數(shù)據(jù)，均以企業(yè)財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)決算報(bào)告數(shù)據(jù)為準(zhǔn)。二是這里提到的總機(jī)構(gòu)的應(yīng)納稅額是根據(jù)實(shí)際經(jīng)營(yíng)成果計(jì)算出來(lái)，而不是根據(jù)上年度應(yīng)納稅所得額的一定比例計(jì)算。同時(shí)，企業(yè)在規(guī)定期限內(nèi)按實(shí)際利潤(rùn)額預(yù)繳有困難的，經(jīng)總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)可，可以按照上一年度應(yīng)納稅所得額的1/12或1/4，由總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。以上公式中分支機(jī)構(gòu)僅指需要就地預(yù)繳的分支機(jī)構(gòu)，該稅款分?jǐn)偙壤凑丈鲜龇椒ㄒ唤?jīng)確定后，當(dāng)年不作調(diào)整。

匯總清算，是指建筑企業(yè)總機(jī)構(gòu)應(yīng)在年度終了后5個(gè)月內(nèi)，依照法律、法規(guī)和其他有關(guān)規(guī)定進(jìn)行所得稅年度匯算清繳。統(tǒng)一計(jì)算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補(bǔ)。其中，當(dāng)年應(yīng)補(bǔ)繳的所得稅款，由總機(jī)構(gòu)繳入中央國(guó)庫(kù)。當(dāng)年多繳的所得稅款，由總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)開(kāi)具稅收收入退還書(shū)等憑證，按規(guī)定程序從中央國(guó)庫(kù)辦理退庫(kù)。

財(cái)政調(diào)庫(kù)，是在堅(jiān)持目前所得稅由中央和地方按照60∶40的比例分享的前提下，對(duì)由總機(jī)構(gòu)繳納的部分稅款，不是在中央與總機(jī)構(gòu)所在地之間分配，而是由財(cái)政部在全國(guó)各地之間進(jìn)行分配。具體辦法如下：將建筑企業(yè)總機(jī)構(gòu)在其所在地繳納全部稅額的50%分成相等的兩部分，應(yīng)納稅總額的25%就地辦理繳庫(kù)，所繳稅款由中央與總機(jī)構(gòu)所在地按照60∶40分享。應(yīng)納稅總額另外的25%由總機(jī)構(gòu)全額繳入中央國(guó)庫(kù)，所繳納稅款的60%為中央收入，另40%由財(cái)政部按照相關(guān)規(guī)定向各省市分配。如果某分支機(jī)構(gòu)因適用稅率與總機(jī)構(gòu)不一致而單獨(dú)計(jì)算應(yīng)納稅額的，其應(yīng)納稅額也不是在該分支機(jī)構(gòu)所在地繳納，而是按照國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào)文件規(guī)定的辦法在總分機(jī)構(gòu)之間分配。

由于一些大公司的層級(jí)多，如果層層預(yù)繳會(huì)使操作過(guò)于復(fù)雜，所以國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào)文件規(guī)定總機(jī)構(gòu)和具有主體生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)職能的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，就地分期預(yù)繳企業(yè)所得稅，三級(jí)及以下分支機(jī)構(gòu)不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅，其經(jīng)營(yíng)收入、職工工資和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計(jì)入二級(jí)分支機(jī)構(gòu)。同時(shí)，對(duì)總機(jī)構(gòu)注冊(cè)具有獨(dú)立生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)職能部門(mén)，且具有獨(dú)立生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)職能部門(mén)的經(jīng)營(yíng)收入、職工工資、資產(chǎn)總額與管理職能部門(mén)分開(kāi)核算的，可將具有獨(dú)立生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)職能的部門(mén)視同一個(gè)分支機(jī)構(gòu)，就地預(yù)繳企業(yè)所得稅?！秶?guó)家稅務(wù)總局關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問(wèn)題的通知》(國(guó)稅函〔2009〕221號(hào))規(guī)定，以總機(jī)構(gòu)名義進(jìn)行生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)的非法人分支機(jī)構(gòu)無(wú)法提供有效證據(jù)證明其二級(jí)及二級(jí)以下分支機(jī)構(gòu)身份的，應(yīng)視同獨(dú)立納稅人計(jì)算并就地繳納企業(yè)所得稅，不執(zhí)行國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào)文件的相關(guān)規(guī)定。各地根據(jù)國(guó)家稅務(wù)總局上述文件出臺(tái)了相應(yīng)的管理辦法，有的規(guī)定異地施工的建筑企業(yè)代開(kāi)建筑業(yè)發(fā)票時(shí)，按開(kāi)票金額的一定比例附征企業(yè)所得稅。

為避免建筑企業(yè)重復(fù)納稅，國(guó)稅函〔2010〕39號(hào)文件明確，建筑企業(yè)跨地區(qū)注冊(cè)的不符合二級(jí)分支機(jī)構(gòu)條件的項(xiàng)目經(jīng)理部(包括與項(xiàng)目經(jīng)理部性質(zhì)相同的工程指揮部、合同段等)，應(yīng)匯總到總機(jī)構(gòu)或二級(jí)分支機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算，按照國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào)文件規(guī)定的辦法計(jì)算繳納企業(yè)所得稅。也就是說(shuō)，建筑企業(yè)跨地區(qū)注冊(cè)的項(xiàng)目經(jīng)理部(包括與項(xiàng)目經(jīng)理部性質(zhì)相同的工程指揮部、合同段等)，凡不符合二級(jí)分支機(jī)構(gòu)條件的，其收入一律應(yīng)匯總到總機(jī)構(gòu)和二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，統(tǒng)一繳納企業(yè)所得稅。而且具有獨(dú)立生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)職能部門(mén)與管理職能部門(mén)的經(jīng)營(yíng)收入、職工工資和資產(chǎn)總額不能分開(kāi)核算的，具有獨(dú)立生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)職能的部門(mén)不得視同一個(gè)分支機(jī)構(gòu)，不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。新注冊(cè)的分支機(jī)構(gòu)，注冊(cè)當(dāng)年不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅，撤銷(xiāo)的分支機(jī)構(gòu)，撤銷(xiāo)當(dāng)年剩余期限內(nèi)應(yīng)分?jǐn)偟钠髽I(yè)所得稅款由總機(jī)構(gòu)繳入中央國(guó)庫(kù)。