在核算公司賬目時，記錄銀行扣款的手續(xù)費通常有以下兩種方法：

1.憑證分錄法：在付款憑證中，將付款金額、銀行手續(xù)費以及稅款等費用逐一列出，并對應填寫相應的會計科目。具體操作流程如下：

(1) 支付金額借：應付賬款或者其他相關(guān)應付款，金額為實際支付款項。

(2) 銀行手續(xù)費借：費用科目，金額為銀行收取的手續(xù)費用。

(3) 稅款或其他費用借：如果在交易中需支付其他費用，也需分別記入相應的科目借貸方。

(4) 銀行存款貸：銀行賬戶科目，金額為實際支付金額減去收取銀行手續(xù)費用和其他費用后的余額。

2.集中記賬法：在銀行對賬單中，對每筆交易的實際支付金額、收取的手續(xù)費用以及稅款等費用進行合并匯總，并將所有交易的支付金額和實際收到的金額分別記入借方和貸方，剩余部分則是銀行手續(xù)費所在科目的余額。該方法雖然操作簡單，但需要對銀行對賬單進行詳細賬務處理，工作量較大。

無論采用哪種方法，都需要及時、準確地將銀行手續(xù)費記錄在賬目中，以保證公司開支數(shù)據(jù)的準確性和合規(guī)性。同時，還需要注意在稅務申報時的相關(guān)要求，務必按照規(guī)范進行核算。