在將甲公司注冊的商標變更到乙公司的情況下，應辦理的是商標轉(zhuǎn)讓手續(xù)，而非商標轉(zhuǎn)移。商標轉(zhuǎn)讓是指商標權(quán)人依法將其注冊商標轉(zhuǎn)讓給他人所有，由他人享有該商標的專用權(quán)。這是一個涉及法律權(quán)益和商業(yè)利益的正式交易過程。

一、主要步驟

確認商標價值：甲公司需要對本公司的注冊商標進行估值，以確定合理的轉(zhuǎn)讓價格。

了解法律法規(guī)：雙方應了解《中華人民共和國商標法》等相關(guān)法律法規(guī)，確保交易過程合法合規(guī)。

簽訂轉(zhuǎn)讓合同：甲公司和乙公司需要簽訂正式的商標轉(zhuǎn)讓合同，明確雙方的權(quán)利和義務(wù)，包括商標的名稱、標識、注冊號、轉(zhuǎn)讓價格、支付方式、交付時間等具體條款。

提交申請：甲公司需向商標局提交商標轉(zhuǎn)讓申請，申請材料包括商標注冊證書、轉(zhuǎn)讓合同、雙方的身份證明等。

商標局審查：商標局將對申請材料進行審核，確認商標的合法性、有效性以及申請材料的真實性。

公告與異議：如果商標轉(zhuǎn)讓申請獲得初步批準，將進入公告期。公告期內(nèi)，任何人如對商標轉(zhuǎn)讓有異議，可以向商標局提出。

完成轉(zhuǎn)讓：公告期滿且無異議，或異議被駁回后，甲公司和乙公司將完成商標轉(zhuǎn)讓手續(xù)，乙公司將成為該商標的合法所有者。

二、商標轉(zhuǎn)讓注意事項

確保合同合法有效：雙方簽訂的轉(zhuǎn)讓合同應符合法律法規(guī)要求，并建議由專業(yè)律師進行審查。

遵守法律法規(guī)：在整個交易過程中，雙方應嚴格遵守《商標法》等相關(guān)法律法規(guī)，防止違法行為。

及時跟進審查進展：雙方應密切關(guān)注商標局的審查進展，如有需要可提前采取應對措施。

了解風險并準備應對：在交易前應充分了解可能存在的風險和問題，并做好應對準備，如咨詢專業(yè)人士或機構(gòu)以獲取更多建議和指導。

綜上所述，將甲公司注冊的商標變更到乙公司應辦理商標轉(zhuǎn)讓手續(xù)，并按照法定程序進行操作以確保交易的合法性和有效性。